Barbaros'un son büyük seferidir. Bundan sonra daha çok tersane isleriyle mesgul olan Barbaros, 6 Cemaziyelevvel 953 (5 Temmuz l546 )'da kisa bir hastaliktan sonra vefat eder. Cenazesi, sagliginda Besiktas'ta yaptirdigi medresenin yanindaki türbesine defnedilir sözü ölümüne tarih olarak düsürülmüstür.
Tabir yerinde ise çekirdekten yetisme diyebilecegimiz bir denizci olan Barbaros Hayreddin Pasa zamaninda Osmanli denizciligi, gücünün zirvesine ulasmisti. Onun mektebinde (ekol) yetisen degerli denizciler ve teskilâtli tersane sâyesinde bu güç varligini bir süre daha devam ettirmistir. Nitekim Piyale Pasa'nin kaptan-i deryaliga getirilmesi ile Turgud, Uluç Ali, Hasan ve Salih Reis'lerin de bulundugu Osmanli donanmasi Akdeniz'de güç ve varligini devam ettirdi. 6. Fransa'ya Ikinci Yardim Seferi l55l senesi baharinda hazirlanan 90 kadirgalik bir Osmanli donanmasi, Sinan Pasa idaresinde Egriboz'da bulunan Turgud Reis ile birleserek l4 Temmuz'da Malta önlerine gelip oradan da Trablusgarb'a hareket eder. Buranin, l530'da Malta'ya yerlesmis bulunan Saint Jean sövalyelerinin elinde bulunmasi, çevredeki Müslüman halkin mücadelesine sebep olmus, hatta bunlar, Kanunî'ye müracaatla yardim bile istemislerdi. Bunun üzerine Kanunî, Enderûn agalarindan Murad'i buraya göndermisti. Sinan Pasa, Trablusgarb önlerine gelince Murat Aga ile irtibat kurarak sehri kusatir. Nihayet l3 Agustos'ta sehir teslim olarak idaresi Murad'a verilmisti. Turgut Reis ise Karlieli Sancakbeyligine getirilmisti.
Osmanli donanmasi l552 senesi ilkbaharinda Kaptan-i Derya Sinan Pasa komutasinda Bati Akdeniz seferine çikar. Donanma, Fransa Krali II. Henri'nin, Sarlken ile aralarinda meydana gelen düsmanlik yüzünden Osmanlilar'dan yardim istemesi üzerine ikinci defa olarak Fransa'ya yardima gidiyordu. Bu sefere Karlieli sancakbeyi Turgud Reis de katilmisti. Fransa elçisi Daramon da üç gemi ile Osmanli donanmasi ile beraberdi. Baslangiçta Fransa'nin yardim talebini kabul etmeyen Kanunî, daha sonra Avusturya ile aralarindaki nazik durum karsisinda Fransa'ya yardima karar verir. Karlieli Beyi Turgud Reis, Sicilya kiyilarini vurmaya memur edilmisti. Donanma Italya sahillerini dolasarak Napoli'ye gelir. Orada Fransiz donanmasi beklenir. Fakat beklenilen donanma gelmeyince yolda rastlanilir diye bir müddet kuzeye dogru seyredilir. Bu sirada Andrea Doria'nin Napoli tarafina geçecegi haber alinarak Turgud Reis'in tavsiyesiyle Ponza adalari tarafinda pusu kurulur. Pusuya düsürülen Andrea Doria yenilerek Sardunya adasina dogru kaçar. 5 Agustos l552'de cereyan eden bu hadisede Doria'nin 7 gemisi zaptedilir.
Bundan sonra gerek Sinan Pasa'nin, gerekse onun vefati üzerine yerine gelen Piyale Pasa'nin deniz seferleri vardir. Bunlardan biri, 966 (M. l558 )'de Ispanya sularinda dolasan Kaptan Piyale Pasa'nin, Minorka adasinin önemli sehirerinden olan Siüdadela'yi zaptetmesidir. Bundan baska yine Piyale Pasa maiyetinde Turgud ve Salih Pasalar bulundugu halde Italya sahillerini vurup Reçyo sehrini zapt etmis ve Afrika sahilindeki Oran'i, Ispanyollar'in elinden alip basarili bir sekilde geri dönmüstü. Bu olaydan sonra Ispanya ve Papa basta omak üzere Italya yarimadasindaki devletlerin tamaminin Osmanlilar aleyhine meydana getirdikleri ittifak, l559'daki Cerbe muharebesini dogurmustur.7. Cerbe Muharebesi Preveze'den l3 yil gibi kisa bir müddet sonra Trablusgarb'i zapteden Osmanlilar, Orta Akdaniz havzasina kesin olarak yerlesmislerdi. Kanunî Sultan Süleyman'in, Kuzey Afrika sahillerini takib ederek Cebelitarik'a kadar tirmanmasi ve dolayisiyle Türk hâkimiyetinin Bati Akdeniz'de de hissedilmeye baslanmasi, bu defa da babasindan Akdeniz siyasetini devr amis olan Ispanya Krali II. Philippe ( l556 - l598 )'i harekete geçirmisti. Fakat Türkleri Bati Akdeniz kiyilarindan uzaklastirmak gayesini güden bu tesebbüs, Ispanyol ve müttefiklerinin l560'da Cerbe'de agir bir yenilgiye ugramalari ile sonuçlanmisti. Fernand Braudel'in deyimi ile Ispanyol askerleri Türkler karsisinda "boylarinin ölçüsünü" almislar ve Akdeniz'de "Türk deniz üstünlügü" kurulmustu.
Biraz önce ifade edildigi gibi, Trablugarb'in alinmasi ile Osmanlilar Dogu Akdeniz'den sonra Orta Akdeniz'e de kesin olarak yerlesmislerdi. Trablusgarb'in, Osmanli idaresine geçmesi ve hâkimiyet mücadelesinin Bati Akdeniz'e kaymasi, Malta'daki Saint Jean sövalyelerini oldukça rahatsiz ediyordu. Zira burasi onlar için stratejik ve ekonomik degeri hâiz önemli bir mevki idi. Bundan baska yavas yavas siranin kendilerine geleceginden de korkuyorlardi. Bu sövalyelerin gayretleri ve babasinin siyasetini sürdürmek isteyen Ispanya Krali II. Philippe ile Papa'nin tesvikleri sonucu Ispanya, Papalik, Cenova, Floransa, Sicilya, Malta, Napoli ve Monaco gibi Akdeniz'deki Hiristiyan devletler, bir ittifak kurmuslardi. Basi sikistikça Osmanlilar'dan yardim isteyen Fransizlar ve Osmanlilar ile bir baris antlasmasi imzalamis bulunan Venedikliler, fiilen bu ittifaka girmemekle birlikte, gizlice müttefikleri desteklemeye devam ediyorlardi.
Akdeniz'deki Hiristiyanlar tarafindan meydana getirilen bu ittifakin duyulmasi üzerine Piyale Pasa Istanbul'a çagrilir. Hazirliklarini tamamlayan Piyale Pasa, 20 parça gemi ile baslangiçta müttefik donanmayi Malta istikametinde aradiysa da onlarin Cerbe sularinda oldugunu ögrenince Turgud Reis kuvvetleriyle birlesmek üzere buraya gelir. Bu arada 200 gemiden mütesekkil müttefik donanmasi, 2 Mart l560'da Cerbe'ye asker çikarmisti. Bu esnada Trabusgarp'ta bulunan Turgud Reis adina adayi idare eden yerli bir seyh, adayi müttefik donanmaya teslim eder.
l3 Mayis l560'da Cerbe önlerine gelen Osmanli donanmasini gören düsman, bir hayli telaslanir. Bununla beraber Cerbe adasindan 7 - 8 mil uzakta bulunan birlesik düsman donanmasi ile Osmanli donanmasi arasinda l6 Mayis l560'da büyük bir deniz savasi meydana gelir. Bizzat Piyale Pasa'nin bildirdigine göre 3 gün 3 gece devam eden savas sonunda düsmanin 20 kadirgasi alinmis, bunlardan biri yakilmis, 26 gemisi ele geçirilmis, bir kismi da kaçip kurtulmustu. Osmanli donanmasinin top atesine baslamasi üzerine heyecanlanan Giovanni Doria, gemilerine demir aldirtarak derhal denize açilir. Denize açilan müttefik donanmasi, Osmanli gemilerince bir hayli yipratilir. Bu hengamede genç amiral Giovanni Doria, karaya sürünmekle birlikte canini kurtararak Sicilya'ya dogru kaçabildi. 60 kadar gemisini kaybeden müttefik donanma müthis bir bozguna ugramisti. Bu bozgun haberi Ispanya ve Italya'da derin bir teessüre yol açti.
Genç Doria'nin kaçmasi üzerine Don Alvaro, saglam surlari bulunan Cerbe kalesine siginmak zorunda kalir. Bu deniz zaferinden sonra Osmanli kuvvetleri kaleyi kusatirlar. Turgud Reis'in de katildigi ve Trablus Eyâleti'nin, Trablus, Kayrevan, Sfeks gibi sehirlerin piyade ve süvari kuvvetlerini de beraberinde getirerek yaptigi kusatma 80 gün sürer. Böylece üç aya yakin bir kusatmanin sonunda 3l Temmuz l560'da Don Alvaro bir gemiye atlayarak kaçmak istediyse de Turgud Reis tarafindan takib edilir. Kurtulus imkâni bulamayan Don Alvaro, esir olarak teslim alinir. Büyük bir zaferle sonuçlanan bu savas, müttefiklere 20.000 kadar ölü ve 5000 kadar da esire mal olur. Bu zafer sonunda ada Turgud Reis'e verilir. Piyale Pasa ise Trablus'a ugradiktan sonra tekrar Istanbul'a döner.
Türk denizcilik tarihinin sanli muharebelerinden biri olan Cerbe Zaferi, Akdeniz'deki Osmanli hâkimiyetini perçinleyip kuvvetlendirmistir. Filhakika, XVI. asirda Osmanli donanmasinin kazandigi büyük ve kesin zaferlerin basinda gelen Cerbe Savasi, Osmanlilarin, Bati Akdeniz'den çikarilamayacagini isbatlamis görünmektedir. Bunun içindir ki II. Philippe, ugradigi yenilginin intikamini almak yerine, aradaki anlasmazligi ortadan kaldirmak ve barisa kavusabilmek için Istanbul'a elçiler göndermeyi tercih edecektir.
Cerbe'de gâlib gelen Osmanli donanmasi, Avusturya elçisi Busbecq'in müsahedelerine dayanarak belirttigi gibi esirler, ganimetler ve yedeginde düsmandan zaptolunan gemilerle Piyâle ve Turgut Pasalarin emrinde Dersaâdet (Istanbul)'e gelmis ve burada merasimle karsilanmisti. Ilk Osmanli kadirgasi, Salîb ( Haçli ) donanmasinin, Hz. Isa'nin çarmiha gerilmis tasvirini tasiyan büyük bayragini denizde sürüyerek ilerliyor ve bunlari diger Hiristiyan bayraklarini ayni tarzda sürükleyen gemiler takip ediyordu. Düsmandan zaptolunan kadirgalarin direk ve küpesteleri alinarak basit birer tekne haline sokulduklarindan Türk gemilerinin yaninda küçük ve adi seyler gibi görünüyorlardi. Kaptan Pasa gemisinin arkasinda esir alinan düsman komutanlari ve asilzâdeleri görünüyordu. Toplarini atesleyerek alay köskündeki Pâdisah'i selâmlayan donanma-yi hümâyûnun hasmeti ve kazanilan zaferin büyüklügü, Sultan'in üzerinde en ufak bir gurur isareti dogurmamisti. Bu duruma hayret eden Avusturya elçisi Busbecq, Kanunî'nin vezirlere " Iste insan bunlari görüp te tekebbüre kapilmamali, her seyin Cenâb-i Hakk'in inâyetiyle oldugunu fikredip , Allah'a sükürler etmelidir" dedigini nakleder. Yine Busbecq, Kanunî'yi dinî vazifelerini ifâya ve câmiye namaza giderken gördügünü, hâlinde ayni husû ve hüzün isâretini müsahede ettigini yazmaktadir. Bu ifadeler, Kanunî'nin, ne derece yüksek bir Islâmî ve manevî olgunluga sâhip oldugunu göstermektedir. Gerçekten bu hal, degil hükümdarlarda velilerde de çok az rastlanilan manevî bir kemâl tezahürüdür.8. Malta KusatmasiOsmanlilarin zaferi ile sonuçlanan ve onlarin Bati Akdeniz'den çikarilamayacagini bir kere daha ortaya koyan Cerbe muharebesinden sonra dikkatler Malta'ya çevrilir. Zira Misir, Trablusgarb, Cezayir ve diger bazi mühim yerlerin idare ve emniyeti, Malta'nin Osmanli idaresinde bulunmasini gerektiriyordu. Daha önce temas edildigi gibi Rodos Adasi'nin Osmanlilar tarafindan fethini (l522) muteakip Malta Adasi, Sarlken tarafindan buradan çikarilan Saint Jean sövalyelerine verilmisti. Ada, kisa bir zaman içinde sövalyeler tarafindan pek mustahkem bir hale getirilmisti. Cezayir yolu üzerinde bulunan adadaki sövalyeler, korsanlik faaliyetlerini sürdürüyor, Türk ticaret gemilerini vurmak suretiyle Osmanli ticaretine zarar veriyor ve nihayet Osmanliar aleyhine olan savaslara (Preveze ve Cerbe gibi) istirak ediyorlardi. Ayrica Hiristiyan korsan gemileri de burada kendileri için çok güvenli bir siginak buluyorlardi. Iste bütün bu sebepler gözönüne alindigi zaman Osmanlilar bakimindan Malta'nin fethi kaçinilmaz bir gereklilik olarak ortaya çikiyordu. Ispanyollar ise Malta'nin fethinin sonunda Osmanli donanmasinin Sicilya, Napoli ve havalisine gelecegini bildiklerinden, Malta'nin savunmasina büyük bir önem veriyorlardi. Bütün bu diplomatik ve stratejik düsüncelere ragmen Osmanlilar, Malta seferi konusunda pek istekli görünmüyor veya en azindan acele etmiyorlardi. Fakat bu siralarda saray için alinan esyayi getiren bir Türk gemisinin Zanta ve Kefalonya adalari arasinda 7 (yedi) Malta korsan gemisi tarafindan zaptedilmesi, adanin, Osmanlilar tarafindan zapti hakkindaki tasavvur ve düsünceyi meydana çikardi.
Yillardan beri "ahali-i Islâm-i nüsret encâma zarar ve hasaretten hâli olmayan" Malta sövalyelerine ait "kila' ve buka'in kal' ve kam'ina" karar verilince yani Malta'ya sefer karari alininca, büyük bir hazirliga girisilir. Haliç, Gelibolu ve Sinop tersanelerinde yeni gemiler insa ve mevcudlar tamir edilip kalafatlanirken, bazi gönüllü reisler için Rodos'ta l8 oturakli kalitalar yaptirilmasi yoluna da gidilir.
Malta üzerine gönderilecek kuvvetlere Besinci Vezir Kizilahmedlü Mustafa Pasa serdar tayin edilerek seferin bütün selâhiyeti kendisine verilmisti. Donanma ise Cerbe gâlibi Cezayir Beylerbeyi Kaptan-i derya Piyâle Pasa'nin emrine verilmisti. Ayrica Beylerbeyi Turgud Pasa (Reis)'ya da emirler gönderilerek Piyâle Pasa'ya yardimda bulunmasi istenmisti. Mühimme Defterlerindeki kayitlardan anlasildigina göre bu konuda Turgud Reis'e biri 25 Rebiülevvel 972 (3l Ekim l564), digeri de bundan dört gün sonra 29 Rebiülevvel 972 (4 Kasim l564)'de gönderilmistir.
Osmanli donanmasi, 29 Mart l565'te 300'e yakin irili ufakli gemi ve 40-50 bin kisiden mütesekkil muazzam bir ordu ile Malta'ya hareket eder. l9 Mayis'ta adaya varilarak karaya asker çikartilir. Kanunî'nin emir ve tavsiyelerine ragmen çok tecrübeli bir denizci olan Turgud Reis gelmeden kusatmaya baslanarak yanlis mevkilere hücuma geçilir. Bununla beraber Turgud Reis'in aldigi önlemlerle bu hatalar düzeltilir. Ancak Turgud Reis, hücum yapildigi sirada (l8 Haziran) Sant Elmo burçlari önünde, atilan bir top güllesinin çarptigi kayadan firlayan bir tasin basina isabet etmesiyle yaralanir. Dört gün ve gece kendini bilmeden (koma hali) yatar. Burçlarin feth edildigi besinci günü (23 Haziran) vefat eder. Cesedi bes parça kadirgasiyle Trablus'a gönderilip orada yaptirdigi câmi ve medresesinin yanindaki türbesine defnedilir.
Saint Helen kalesi on yedi günde (24 Haziran l565) alinmakla beraber asil maksat olan Malta muhasara edilir. Bundan sonra siddetlenen çarpismalar, Osmanli ordusunda büyük zayiatlara yol açar. Sicilya genel valisinin Ispanya, Fransa ve Papa'nin destegiyle 72 kadirga ve on bin askerle yardima gelmesi ve deniz mevsiminin geçmekte oldugunun görülmesi üzerine kalenin alinamayacagi anlasilarak kusatmaya son verilir. Serdar Mustafa Pasa, Turgut gibi büyük bir denizci ile takriben 20.000 askerin sehâdetine mal olan bu kusatmayi kaldirarak ll Eylül'de asker ve malzemeyi gemilere yükleyerek denize açilir. Bu muvaffakiyetsizlik üzerine Malta seferi için Serdar tayin edilen Mustafa Pasa vezirlikten azl olunur.
Fethi için büyük hazirliklar yapilan ve maalesef büyük zayiatlara sebebiyet veren bu kusatmanin kaldirilmasina, kalenin hem müstahkem bir mevkide bulunmasi, hem de saglam surlarla çevrili olmasinin yaninda ada, geregi gibi abluka altina alinamiyordu. Bu da kaleyi müdafaa edenlere disardan devamli yardimlarin gelmesine sebep oluyordu. Bu arada kusatma planinda yapilan büyük hatalar, kusatmanin uzamasindan dolayi donanmanin maruz kaldigi erzak ve malzeme sikintisi ile orduda hastaligin bas göstermesi gibi durumlar, adanin fethine imkân vermemisti.
Kanunî Sultan Süleyman, bu basarisizligi hazmedemeyecek ve yeni bir seferin açilmasi için hazirliklara baslanmasini emredecektir. Ancak Avrupa'ya yeni bir kara harekâtinin yapilma mecburiyeti, bu seferi ikinci plana itmistir. Bununla beraber Kanunî, son seferi olan Sigetvar'a çikmadan önce donanmaya denize açilma emrini vermisti. Bu sefer sonunda Sakiz Adasi bütünüyle Osmanli hâkimiyetine geçecektir.9. Sakiz Adasi'nin Alinmasi Donanma, Kanunî'nin emri üzerine harekete geçip denize açilmisti. Gerçi Sakiz Adasi, daha Fâtih Sultan Mehmed zamaninda vergiye baglanmisti. Ancak bura sakinleri, firsat buldukça Osmanlilarin askerî harekâtlari ile donanmanin durumu hakkinda disariya bilgi sizdirmaktan geri kalmiyorlardi. Zaman zaman da vergilerini aksatiyorlardi. Bundan baska Malta kusatmasi sirasinda da bazi Sakizlilar, Osmanlilar'a karsi savasmislardi. Öte yandan, tamamen Osmanli hâkimiyetindeki Ege Denizi'nde böyle bir adanin bulunmasi, Osmanli menfaatlerine zarar verebilirdi. Kâtib Çelebi'nin ifadesiyle Kanunî, bütün bu durum ve sebepleri su sözlerle ifade ediyordu:
"Misir diyarina giden hacilarin yol üzerinde kiyiya yakin Sakiz Adasi hisarinda oturan kâfirler görünüste haraca bagli iseler de savasçi kâfirlerle iyi dostluk üzere olup her daim devlet kapisinda olan isleri yazip bildirmektedirler. Ve donanma-yi humâyûn gemileri çiktikça kaç gemidir ve ne yana gidecektir hep bildirip ufak Islâm gemilerine zarar eristirmekten geri durmadiklarini biliyorum. Ne yoldan olursa bu adayi tutup almaya dürisesin. diye buyurmuslardi." Bunun üzerine 973 baharinda ( Mart - Nisan 1566 ) Kaptan Piyâle Pasa 70 parça kadirga ile denize açilip, adanin karsisindaki Çesme'ye gelir. Donanmanin Çesme'ye geldigini gören Sakizlilar, bazi hediye ve armaganlarla Kaptan Pasa'ya geldilerse de bu, kalenin zaptina mani olamadi. Zira Pâdisah'in bu konudaki emri kesindi. Bu sebeple 24 Ramazan 973 (14 Nisan 1566 )'da Sakiz'a gelen Piyâle Pasa, kan dökmeden adayi zapt edip onu bütünüyle Osmanli hâkimiyetine alir. Buraya muhafizlar koyan Piyâle Pasa, büyük kiliseyi de câmi haline getirmisti. Böylece Ceneviz, Ege'deki son kolonisini de kaybetmis oluyordu. Türklerin adayi ele geçirmesi, Katolik Cenevizlilerin tazyiklerinden sikâyetçi olan yerli Rumlar tarafindan sevinçle karsilanmisti. Böylece Sakiz Adasi da diger komsu adalar gibi Osmanli hâimiyetinin sagladigi müsamaha havasindan faydalanmistir.
Sakiz Adasi'nin artik bütünüyle Osmanli hâkimiyetine girdigi haberini alan Kanunî, "eyü tedarük olunmus" diyerek memnuniyetini izhar etmisti. Piyâle Pasa'ya gönderilen hükümde ise, Sakiz'in bir sancak halinde Kaptanpasa eyâletine ilhaki uygun görülmüs ve buranin sancakbeyligi Kirsehir Beyi Gazanfer Bey'e 50.000 akça terakki ile tevcih olunmustu. Ayrica Sakiz'in tahriri yapilarak buranin gelirleri ile nüfusu tesbit edilmisti. Bu esnada Sakiz'in ileri gelenleri Istanbul'a gönderilmisti.