Osmanlilarin en büyük hasmi olup Çelebi Sultan Mehmed'in damadi olan Karamanoglu Ibrahim Bey, otuz dokuz sene hükümdarlikta bulunduktan sonra hicrî 868 (m. 1463)'de vefat etmisti. Ibrahim Bey, yedi oglundan en büyügü olan Ishak Bey'i, Osmanlilarla kan bagi olmadigi için çok seviyordu. Annesi bir cariye olan Ishak Bey'i veliaht yapmis ve merkezi Silifke olmak üzere Içel valiligine tayin etmisti. Daha sonra da bütün devlet islerini ona birakinca öteki kardesler buna itiraz etmislerdi. Bu hareketin basinda bulunan Pir Ahmet Bey, Konya'nin ileri gelenleri ile anlasarak hükümdarligini ilan etmisti. Böylece Karaman mirasi meselesi ortaya çikti. Uzun Hasan, devam eden bu miras isine karisma sevdasina düstü. Anadolu'daki Müslüman Türk beyliklerine karsi insafli bir sekilde muamele eden Osmanli hükümdari, sonunda Konya'ya girerek, Taseli taraflari hariç olmak üzere bütün bir Karaman ülkesini topraklarina katar. Fâtih Sultan Mehmed, Konya'da adina sikke kestirdigi gibi, sehzâdesi Mustafa'yi da buraya vali olarak tayin eder. Vezir-i a'zam Mahmud Pasa'yi Toroslara kadar göndererek ülkenin ilhakini tamamlar.
Mahmud Pasa, Konya'ya dönünce buradaki is ve sanat erbabinin Istanbul'a yollanmasi isi ile görevlendirilir. Pasa'nin bu icrasinda bazi sikâyetler meydana gelir. Öyle anlasiliyor ki Pasa da yaptigi bu isten pek memnun degildir. Hatta bunlara karsi "ihtiyar benim elimde degil, mazuruz" dedigi rivayet edilmektedir. Rum Mehmed Pasa, Mahmud Pasa'nin haksizlik yaptigini, sadece fakirleri hicret ettirdigini söyleyerek sikâyetlerde bulunur. Bu arada onun, Mevlana'nin torunlarindan birini de bunlarla birlikte yolladigi, fakat Fâtih Sultan Mehmed'in bunu ögrenmesi üzerine o zati hediyelerle tekrar geri gönderdigi rivayet edilir. Osmanli idaresine yeni alistirilmakta ve hatta isindirilmakta olan bir memleketin halki hakkinda icra edilen bu neviden muameleler yüzünden artan sikâyetler üzerine Mahmud Pasa, vazifeden alinarak yerine Rum Mehmed Pasa tayin edilir.
Karaman probleminin tamamen ortadan kalkmasi için çaba sarfeden Osmanlilara karsi Akkoyunlu Devleti de bütün gücü ile Karamanlilari destekliyordu. Hatta bu maksatla Uzun Hasan, 50 bin kisilik bir kuvveti yardima göndermisti. Yapilan savaslarda galip gelen Osmanlilar, Karamanlilarin elinde kalan son kaleleri de almaya muvaffak olmuslardi. Son olarak Kayseri ile Nigde arasinda bulunan Develihisar, Karamanogullari adina müdafaa edilmekte idi. Kale komutani Atmaca Bey, kaleyi Sehzâde Mustafa'ya teslim edecegini bildirince, sehzâde kaleyi teslim alarak Karaman gailesinin son kalintisini da ortadan kaldirir. Bu arada hastalanan sehzâde, kaleyi teslim alip dönerken 19 Agustos 1474'te Bor'da vefat eder. Sehzâde Mustafa'nin ölümünden sonra Karaman Valiligi'ne Cem Sultan getirilmisti. Cem Sultan'in iyi meziyetleri, Karaman halkinin Osmanlilara tabi olmasinin önemli sebeplerinden biri olarak kabul edilmektedir.