Sultan Murad'in, Kosova Savasi'nda sehid olmasindan sonra devlet adamlari ile askerî erkânin ittifaki üzerine yerine büyük oglu Bâyezid geçti. Askerî hareketlerdeki sür'ati yüzünden "Yildirim" ünvanini alan Bâyezid, Kosova savasinda Rumeli askeri ile sag cenaha kumanda etmisti. Savasin kazanilmasinda da büyük bir rol oynamisti. Bâyezid, henüz düsmani kovalamakla mesgul olan kardesi Yakub'u çagirtarak hükümdarliga ortak olur endisesiyle onu öldürtmüstü. Böylece yeni bir buhranin çikmasina da engel olmustu. Bu olay, bazi devlet adamlari ile askerler arasinda ve Osmanli sinirlari disinda kalan Anadolu Beylikleri arasinda Yildirim Bayezid'e karsi bir hosnutsuzlugun dogmasina sebep olur. Âsikpasazâde, bu olayla ilgili olarak "Ol gece askere izdirap düstü" diyerek, askerin bu hadiseden nasil müteessir oldugunu anlatmaya çalisir.
Gerçekten bazi yazarlar, Yildirim Bâyezid'in bu hareketini çok dramatik bir sekilde vermekte ve bunu, Yildirim'in Timur karsisindaki maglubiyetinin sebeplerinden biri olarak görmektedirler. Bu cümleden olarak Fatma Aliye sunlan söyler:
"Sehzadeler ve askerî komutanlar, hezimete ugrayanlan takib ediyorlardi. Yildmm Bâyezid'e haber verildi. Hemen gelip zât-i sâhâneye mahsus olan ak sancak altina oturdu. O ak sancak, Selçuklu Sultani'nin Osman Gazi'ye vermis oldugu sancakti ki o zaman o sancagin altina zat-i sâhâneden baskasi oturamazdi. Yildirim Bâyezid, o sancagin altina oturmakla ilan-i saltanat etmis oldu.
Zavalli Yakub Çelebi, hadiseden habersiz olarak ordugâha geldiginde yorgunlugunu geçirmeye ve rahat bir nefes almaya firsat bulamadan "pederin seni istiyor" diyerek Hüdâvendigâr'in mübarek cesedi üzerine kurulan çadira götürülüp orada bogduruldu. Bu vak'a, bütün tarih kitaplarinda mühim bir konunun açilmasina sebep olmustur. Bunu, Yildirim'in maglubiyet sebeplerinden biri ve belki birincisi olarak kayd edenler de olmustur. Savci Bey de buna bir örnek teskil etmiyor. Çünkü Savci Bey, isyan bayragini çekmisti. Andronikos ile birlikte bir eskiya grubunun basina geçmisti. Yakub Çelebi ise o zaman önemli bir vilayet olan Karesi'yi çok iyi idare etmis, harplerde zaferler kazanmis ve herkesi kendinden memnun etmisti."
Murad Hüdâvendigâr'in sehadeti üzerine meydana gelen saltanat degisikligi, Anadolu Beylerinin ve özellikle kendisini Selçuklularin mirasçisi sayan Karamanlilarin ortadan kalkmis gibi görünen düsmanligini tekrar ortaya çikardi. Sehzade Yakub'un öldürülmesini bahane ederek, güya onun intikamini almak üzere Bâyezid'e karsi harp açip her taraftan tecavüze kalktilar. Karamanaoglu Alaeddin Bey tarafindan kiskirtilan bu beylikler, Aydinli, Saruhanli, Germiyanli, Menteseli ve Hamideli beylikleri idi. Nitekim Germiyanogullari'ndan Sah Çelebi oglu Yakub Bey, daha önce Osmanlilar eline geçmis olan Germiyan kasaba ve bölgelerini geri aldigi gibi Karamanlilar da Beysehri'ni zapt ettiler. Anadolu'da Kara Tatar denilen Mogollarin reisi Mürüvvet Bey de Kirsehir'i zapt edip Sivas emiri Kadi Burhaneddin'e teslim etti. Diger beylerin her biri, bu karisikliktan istifade ederek bir takim yerlerin zaptina kalkistilar. Bu durum, Osmanli Devleti'ni çok zor durumlara sokmustu. Babasi tarafindan saglanmaya çalisilan Anadolu birligi yeniden tehlikeye girmisti. Sultan Yildirim Bayezid'in bunlara süratli bir sekilde çare bulmasi ve isleri düzeltmesi gerekiyordu. Bunun için Bâyezid, Anadolu'ya geçmeden önce Rumeli'deki durumu derhal düzeltmek gerektigini düsünerek kendisine muhalefette bulunan emir ve askerleri yeniden kendine bagladi. Sonra Sirp Krali Lazar'in henüz küçük yastaki oglu Istefan Lazaroviç'in vasisi olan annesiyle anlasti. Bu yeni Sirp despotu da vergi (harac) ve gerektiginde muharebelerde bütün askeri ile birlikte padisahin maiyetinde bulunmayi taahhut ettigi gibi her yil Osmanli padisahini ziyaret etmeyi de kabul ediyordu.
Kosova maglubiyetinden sonra gerek Istefan Lazaroviç, gerek Pristine hakimi Vuk Brankoviç yerlerinde kalabileceklerini hiç ümid etmiyorlardi. Onlar, Yildirim'la anlasmayi canlarina minnet bildiler. Bu antlasmayi kuvvetlendirmek için yeni Osmanli hükümdari, maktul Lazar'in kizi Marya Despina'yi nikahlamisti. Bayezid'in bu sekildeki genis müsamahasina Anadolu'daki vaziyetin kritik durumu sebep olmustu. Bu baris sayesinde Rumeli'de, disardan gelebilecek ve özellikle Macarlar tarafindan yapilacak tahrik ile meydana gelmesi muhtemel bir muhalefet önlenmis oluyordu. Böylece meydana gelen dostluk, samimi bir sekilde Bâyezid'in vefatina kadar devam edecekti. Sirplar, Kosova'da hâkimiyetlerine son veren darbeyi yemis olmalarina ragmen, dinî ve millî degerlerine karsi gördükleri genis müsamaha ve müsaade yüzünden fatihlerin (Osmanlilarin) idaresine tereddüdsüz katildilar. Hele Arnavud, Macar ve Dalmaçyalilara karsi yapilan akinlarda ganimetlere istirak etmeleri, anlari yeni idareye çarçabuk isindirdi.
Yildirim Bayezid, Balkanlar'da kuvvetli kalabilmek için akinci teskilatini yeniden canlandirmak ihtiyacini hissederek Evrenos Bey, Pasa Yigit Bey ve Firuz Bey gibi komutanlarin, basta Bosna olmak üzere Eflak ve Tuna'nin kuzey taraflarina kadar akinlar düzenlemelerini emr etti. Daha önce de kisaca temas edildigi gibi bu akinlar esnasinda Üsküp alinarak sehre Türk ahali yerlestirilmisti. Bu sirada Edirne'ye dönen Bâyezid, Anadolu'ya hareket etmeden önce burada dinî ve sosyal müesseselerin kurulmasini emr etti. Böylece Edirne bir kültür merkezi haline gelmeye basladi. Gerçekten de hâlâ bu gün Yildirim adi ile anilan mahallede bir imâret ile kubbesi dört kemer üzerinde durmakta olan caminin temellerini atti. Bu arada kendisini tebrike gelen Venedik ve diger Italyan siteleri ile olan ticaret antlasmalarini yeniledi. Yeni hükümdar, Venedik ticaretini himaye etmeyi kabul ediyorsa da gelecek için fazla teminat vermiyordu. Bu antlasma, daha sonraki Anadolu seferi için büyük bir önem tasiyacakti. Zaten bu yüzden Bâyezid müsamahali davranmisti.
Bâyezid, Bursa'ya dönmeden önce hemen hemen bir sehir devleti haline gelmis olan Bizans gailesini de ber taraf etmek istiyordu. Bunu gerçeklestirebilmek için de Bizans'taki taht kavgalarindan istifade etmeyi düsünüyordu. Böylece Anadolu'da girisecegi faaliyet esnasinda Bizans tarafindan gelebilecek tehlikelerden emin olmak istiyordu.
Osmanli Sultani, vaktiyle Savci Bey ile müstereken isyan edip fesat çikarma suçundan dolayi hapse atilmis olan Imparator Ioannis'in oglu Andronikos ile onun oglu Ioannis'in müracaatlarini kabul ederek bir miktar askerle Edirne'den Istanbul'a yürür. Imparator Ioannis ile saltanat ortagi olan Manuel'i hal' ederek hapse attirir. Bu arada hapisteki prensleri de kurtarip hükümdar yapar ve bir vergi ile kendine baglar. Fakat kisa bir müddet sonra iki mahpus hapisten kurtularak sultana iltica ederler. Onlar, daha önceki vergiden baska belli bir miktarda asker vererek seferlere katilmayi da taahhüd ederler. Bunun üzerine Bâyezid, onlari tekrar hükümdarliga getirir. Bununla beraber Bâyezid, Andronikos ile oglunu hapse attirmayip kendilerine Bizans topraklarindaki Silivri, Eregli, Selanik vs. gibi yerlerin hâkimiyetini verir.