Daha önce, Anadolu Selçuklu Devleti'ne merkezlik (payitaht) yapmis bulunan Konya'nin yeni sahipleri olan Karamanogullari, bir bakima kendilerini Selçuklularin vârisi gördüklerinden, Anadolu'da üstünlük iddiasinda bulunuyorlardi. Bu sebeple de Osmanlilarin, Anadolu'daki gelisme ve genisleme hareketlerine karsi koymaya çalisiyorlardi. Gerçi Osmanli-Karamanli rekabeti, Osmanlilarin Eretna Beyligi'nden Ankara'yi aldiklari zamanda baslamisti. Fakat Sultan Birinci Murad, bir çatismaya girmemek ve Müslüman kani dökmemek için büyük bir gayret sarf ediyordu. Ancak Osmanlilarin, Germiyan ve Hamid ogullan arazisinden bir kismini evlenme, bir kismini da para ile satin alip Karamanogullan'nin kalbi durumunda olan Konya'ya dogru büyük bir ilerleme kayd etmeleri, iki tarafi ayni sinirlan paylasan komsu iki devlet haline getirmisti. Böyle olmakla beraber kizi Nefise Sultan'i Karamanoglu Beyi Alaeddin Ali Bey ile evlendiren Sultan Murad, Karamanlilar'la akrabalik kurmak suretiyle Anadolu'dan emin vaziyette Rumeli harekâtina devam edecegini ümit ediyordu. Gerçekten de Sultan Murad'in gayesi, Anadolu'daki Müslümanlarla degil, Bati'daki Hiristiyan devletlerle mücadele etmek, oralarda fetihlerde bulunmakti. Nitekim Karamanoglu'nun isyanini ve kendi topraklarina saldirisini duyunca söyle demekten kendini alamamisti:
"Su ahmak zalimin yaptigi isleri görün. Ben, Allah Teâlâ yolunda din gayretiyle çalisarak ülkemi birakip, bir aylik yol kâfir içine gireyim. Gece ve gündüz ömrümü gazaya sarf etmek için niyet edeyim, yeyip içmeyi terk edeyim, bela ve mihneti seçeyim, o gelip bir bölük mazlum Müslümanlarin üzerine düssün. Yagma edip anlari incitsin. Ey gaziler, bu zalimleri nasil edeyim? Beni gazadan men ederek, bana, Müslümanlar üzerine kiliç sallamak kötü isini isletir. Eger vaz geçip cihad ve gaza ile mesgul olursam, Müslümanlar zâlim eline düser. Eger üzerine varirsam gaza kilan gazilerin kiliçlarini mü'minlerin üzerine döndürmek lâzim gelir" diyerek bir hayli tereddüd geçirmisti. Nihayet, Karamanli'nin bu zulmü karsisinda çaresiz kalinca, tekrar Anadolu'ya geçerek Bursa'ya gelir. Hayreddin Pasa'yi da Rumeli'nde birakir. Sultan Murad, daha sonra bizzat Karamanoglu'na da söyle diyecektir:
"Hey bedbaht, müfsid, zâlim, benim kastim ve isim gece gündüz gazaya adanmaktir. Benim gazama mani olur. Ben gazada iken Müslümanlari incitirsin. Ahd ü emân bilir adam degilsin. Senin kökünü kazimayinca huzur ile gaza edemem. Nasil barismak, zira gazaya mani olan ile gaza, en büyük gazadir" diyecektir. Hemen hemen bütün Osmanli tarihlerinde buna benzer ifadelerin bulundugunu söylemek mümkündür. Bütün bunlardan, Sultan Murad'in, Karamanli ile bir savasa girmek istemedigini, zira Müslüman kaninin akitilmasina gönlünün razi olmadigini çikarmak mümkündür. Kendi öz kizini Karaman Beyine nikahlayip onunla akrabalik bagi kurmasi da bunun açik delilidir. Fakat Venedik, Sirbistan ve Papalik gibi Hiristiyan devletler, Osmanlilarin Balkan fetihlerini basarisizliga ugratmak için Karamanogullari'ni Osmanlilara karsi tahrik edip kullanmakta idiler. Bu tahriklere kapilan Alaeddin Ali Bey, 1386 yilinda Osmanlilarin elindeki Hamid Ogullari topraklarina saldirir. Karamanlilar, Osmanlilarin; Hamid Ogullarindan satin aldiklari Beysehri'ni isgal etmekle harbi baslatirlar. Halbuki Osmanli Devleti'nin bir köyüne taarruz etmek, büyük imparatorluklarin dahi cesaret edemedigi bir hareket iken, kiskirtmalar sonucunda Karamanoglu bu cesareti göstermisti. Bu da onun ne kadar dar görüslü, ileriyi görmeyen bir kimse oldugunu göstermektedir. Esasen diger Anadolu beyliklerinin Osman ogullari gibi dahi yetistirememesi, onlari sonunda Osmanlilara katilma mecburiyetinde birakan mühim sebeplerden biri olmustu.
Osmanlilar açisindan bu tecavüze baktigimiz zaman, olaylarin baska bir boyut kazandigini görürüz. Zira bu tecavüz kalmadigi takdirde Karamanlilarin ve ondan cesaret alacak olan diger beyliklerin, Balkan fütuhatinin en kritik anlarinda Osmanlilar'i Anadolu'da rahatsiz edeceklerini çok iyi takdir eden Sultan Murad, derhal Anadolu'ya geçip Bursa'ya gelir. Sultan Murad, Anadolu'daki beylikler üzerindeki nüfuzunu göstermek için Candarogullari'ndan yardimci birlik ister. Bu birlik gelince Ali Pasa ve oglu Sehzade Bâyezid Bey'le birlikte Karaman seferine hazirlanir. Osmanli ordusunun içinde, antlasma geregi iki bin kadar da Sirpli asker bulunuyordu. Bunlar, yardimci kuvvet niteliginde idiler. Böylece Sultan Murad, Anadolu beylerine kudretinin derecesini göstermek istiyordu. Onlar, Osmanlilarin bu gücünden ne kadar çekinirlerse, Anadolu'da o kadar az Müslüman Türk kani akacakti.
1386 Kasim'inda Konya yakinlarinda cereyan eden meydan muharebesinde Osmanli ordusu, Karamanlilari kolayca yenilgiye ugratti. Muharebede Bâyezid büyük bir kabiliyet göstererek zaferin kisa zamanda kazanilmasini sagladi. Bu muharebedeki muvaffakiyetinden dolayi kendisine "Yildirim" lakabi verildi.
Büyük bir yenilgiye ugrayan Alaeddin Ali Bey, Konya kalesine siginmak zorunda kaldi. Padisah, bu zaferden sonra Konya'yi kusatma altina aldi. Ordu mensuplarinin, kusatilan halktan herhangi bir sey almalari yasaklandi. Yasaklara uymayanlar için çok agir cezalar kondu. Birkaç Sirpli, emir disi hareket ettiklerinden, idam cezasina çarptirildilar. Sultan Murad, sehri on iki günden beri kusatma altinda bulunduruyordu. Fakat henüz hücuma geçilmemisti. Karaman Beyi, mevkiinin tehlikeli durumunu idrak etmeye baslayinca esi ve Sultan Murad'in kizi Nefise Hanim'i, Konya'nin ileri gelenleri ile birlikte ricada bulunmak ve kendisini af etmek için padisaha gönderdi. Kizinin ricasi üzerine Karamanoglunu af eden Sultan Murad, bizzat gelip af dilemek ve elini öpmek sartiyle onu af edecegini bildirdi. Bunun üzerine Karamanoglu, Osmanli ordugâhina gelip kayinbabasinin elini öptü ve ondan af istirhaminda bulundu. Sultan Murad, Karaman ülkesini yine kendisine vererek isyan eden Beysehri üzerine yürüdü. Birkaç gün içinde orayi tekrar kendine bagladi. Burada bulunuldugu bir sirada Tekke Beyi'nin isyan ettigi haberi ve bu habere dayanarak Tekke üzerine yürümesi hususunda Sultan Murad'a tekliflerde bulunuldu. Fakat Sultan Murad, bu teklifleri reddederek:
"Tekke Beyi fakirdir. Hükümeti Istenos ve Antalya sehirlerine inhisar etmistir. Bana isyan edecek ne gücü var, simdi onun üzerine varmak bizim için ardir. Sivrisinek kovalamak sahine (veya arslan) yakismaz" diyerek tekrar Bursa yolunu tutar.
Konya önündeki maglubiyeti üzerine Karamanlilarin Anadolu'daki nüfuzlari kirilmis, Sultan Murad'in seferde gösterdigi basarili taktik sayesinde bütün Anadolu'da yildizi parlamisti. Böylece, Osmanlilarin Anadolu birligini gerçeklestirecegi kesin bir sekilde anlasilmis oluyordu. Gerçekten bes yil sonra Yildirim Bâyezid'in Anadolu'yu zapt edebilmesinde Sultan Murad'in bu seferde takib ettigi siyasetin birinci derecede tesiri olmustur. Takriben bir buçuk asir devam edecek olan Osmanli-Karamanli harplerinin ilki olan bu savasta yenilmesine ragmen Karamanoglu, Osmanli hâkimiyetini hiç bir zaman kabule yanasmamistir. Bunun içindir ki Sultan Murad uzaklasir uzaklasmaz, Kosova'yi hazirlamakla mesgul olan Haçlilarla müzakerelere girismis, fakat korkusundan Kosova muharebesinde Osmanli ordusuna katilmak üzere bir birlik göndermekten de geri kalmamistir. Böylece iki yüzlü bir siyaset takip etmistir.